Muzej je nastao plod ideje najpoznatijeg Trebinjca, pjesnika i diplomate, Jovana Dučića. . Osnovan је 1952. godine. Prvo arheološko iskopavanje muzej je obavio 1957. godine na crkvi Sv. Petra u Zavali. Prvu publikaciju, pod nazivom TrebinjeI, Vasilija Koraća, izdao je 1966. godine. Godine 1975. pokreće časopis Tribunija. Raspolaže sa oko 1.500 m² korisnog prostora, od čega je oko 800 m² izložbeni prostor. Pored stalnih postavki i legata, u fundusu Muzeja Hercegovine nalazi se oko 400 umjetničkih slika, grafika, skulptura i drugih predmeta. U sklopu Muzeja Hercegovine djeluje i depadans na Ušću (Lastva), legat Dubravke Kujačić u kome se priređuju povremene izložbe, promocije, koncerti. Muzej posjeduje i značajnu zbirku bibliotečke građe (biblioteka sa stručnim knjigama iz različitih oblasti nauke, kulture i umjetnosti).